манозо-зв"язуючий лектин, маннозо-связывающий лектин ; позиційно-вагові матриці, позиционно-весовые матрицы
In the current work we have analyzed the Mbl1 (mannose-binding lectin) promoter for the presence and functional specifity of transcription factors binding sites (TFBS). We have utilized the weight-position matrices from MatrixFamily Library Version 9.0 and JASPAR CORE Vertebrata databases and two programs - MatInspector and Jaspar. Phylogenetical analysis of rat Mbl1 promoter in comparison with Mus musculus gene-ortholog and the search for functional modules of cooperating transcription factors were conducted with DiAlignTF program. Thus we defined 3 regions in Mbl1 promoter, enriched with conservative transcription factors binding sites, and 6 modules of potentially cooperating TFs.
Проведено біоінформатичний аналіз промотору щурячого гена Mbl1, який кодує манозозв"зуючий лектин, на наявність та функціональну специфічність сайтів зв"язування транскрипційних факторів. В роботі було використано позиційно-вагові матриці з баз данних Matrix Family Library Version 9.0 та JASPAR CORE Vertebrata, а також дві програми пошуку сайтів зв"язування - MatInspector та Jaspar. Було проведено філогенетичний аналіз з промотором гена-ортолога Mus musculus та здійснено пошук функціональних модулів знайдених транскрипційних факторів в програмі DiAlign TF. В результаті в промоторі гена Mbl1 щура нами було визначено 3 ділянки, збагачені консервативними сайтами зв"язування транскрипційних факторів, та знайдено 6 модулів потенційної кооперативної взаємодії між транскрипційними факторами.
Проведен биоинформатический анализ промотора крысиного гена Mbl1, который кодирует маннозосвязывающий лектин, на наличие и функциональную специфичность сайтов связывания транскрипционных факторов. В работе были использованы позиционно-весовые матрицы из баз данных Matrix Family Library Version 9.0 и JASPAR CORE Vertebrata, а также две программы поиска сайтов связывания - MatInspector и Jaspar. Филогенетический анализ с промотром гена-ортолога Mus musculus и поиск функциональных модулей найденных транскрипционных факторов осуществлены в программе DiAlign TF. В результате в промоторе гена Mbl1 крысы нами было определено 3 участка, обогащенных консервативными сайтами связывания транскрипционных факторов, и найдено 6 модулей потенциального кооперативного взаимодействия между траснкрипционными факторами.
