To identify and characterize with the help of bioinformatics the transcription factors binding sites in promoters of Mbl1 and Mbl2 genes, encoding mannose binding lectins in Rattus norvegicus. Methods. Bioinformatics, MatInspector software. The positionweight matrices of transcription factor binding sites were obtained from the Matrix Family Library Version 9.0. Within the frame of the program we selected the binding sites, the cognate transcription factors of which are specifi cally expressed in the liver and immune cells, and have passed the fi lter for conservation after comparison with the binding sites in orthologous genes in Mus musculus. Results. The promoters of both genes share the binding sites for the members of the four common families oftranscription factors (HNF, homeodomain transcription factors, GRs and ETS factors). The promoters of Mbl1 and Mbl2 gene possess correspondingly additional binding sites for the members of six (AP1 related factors, Ccaat/Enhancer Binding Proteins, FOX, p53, NFAT, ISGF3) and four (cAMP-responsive element binding proteins, heat shock factors, Nf-?B/c-rel and TATA binding protein) families of transcription factors. The Mbl1 specifi c transcription factors are mainly involved in the regulation of differentiation, development, metabolic homeostasis, organogenesis and cell cycle. Unlike them the Mbl2 specifi c transcription factors are more prone to mediate a stress-response. Conclusion. The variety of transcription factors potentially involved in regulation of the Mbl1 and Mbl2 transcription argue for these genes involvement in various cellular processes with specifi c role of each gene. The obtained results provide the basis for the task-oriented wet-lab bench experiments on their regulation.
Мета. Провести біоінформатичне дослідження промоторів ге нів Mbl1 і Mbl2 Rattus norvegicus, що кодують манозозв'зуючий лектини, на наявність та функціональну специфічність сайтів зв'язування транскрипційних факторів. Методи. Обидві послідовності промоторів довжиною 1100 п.н. проаналізовано в програмі MatInspector за використання позиційно-вагових матриць з бази данних Matrix Family Library Version 9.0. В межах програми відібрано сайти зв'язування для транскрипційних факторів, які специфічно експресуються в печінці і клітинах імунної системи, а також, що пройшли тест на консервативність через порівняння з сайтами зв'язування транскрипційних факторів в промоторах генів-ортологів Mus musculus. Результати. В промоторах гена Mbl1 і гена Mbl2 наявні сайти для чотирьох родин транскрипційних факторів (HNF, homeodomain trans cription factors, GRs and ETS factors). В про моторі гена Mbl1 виявлено також сайти для представників шістьох (AP1 re la ted factors, Ccaat/Enhancer Binding Proteins, FOX, p53, NFAT, ISGF3), а в гені Mbl2 - для чотирьох (cAMPresponsive ele ment binding proteins, heat shock factors, Nf-?B/crel and TATA binding protein) інших родин транскрипційних факторів. Характерні для гена Mbl1 транскрипційні фактори переважно задіяні в регуляції диференціювання, розвитку, під тримання гомеостазу, клітинного циклу. Через характерні для гена Mbl2 сайти транскрипційні фактори можуть опосередковувати переважно відповідь на чинники, які індукують стрес. Висновок. Різноманітність транскрипційних факторів, які потенційно можуть регулювати транскрипцію обох генів, вказує на можливу участь генів в різних клітинних процесах зі специфічною функцією кожного з генів. Отримані результати є підставою для цілеспрямованого експериментального дослідження регуляції транскрипції зазначених генів. Цель. Провести биоиноформатический анализ промоторов генов Mbl1 и Mbl2 Rattus norvegicus, которые кодируют маннозосвязывающие лектины, на наличие и функциональную спе цифичность сайтов связывания транскрипционных факторов. Методы. Обе последовательности промоторов длиной 1100 п.н. проанализированы с помощью программы MatInspector с использованием позицонно-весовых матриц из базы данных Matrix Fa mily Library Version 9.0. С помощью программы отобраны сайты связывания для транскрипционных факторов, которые специфически экспрессируются в печени и клетках иммунной системы, а также которые прошли тест на консервативность после сравнения с сайтами связывания в промоторах генов-ортологов Mus musculus. Результаты. В промоторах каждого из двух генов найдены сайты для представителей четырех семейств транскрипционных факторов (HNF, homeodomain transcription factors, GRs and ETS factors). Кроме того в гене Mbl1 выявлены сайты для представителей шести других семейств транскрипционных факторов (AP1 related factors, Ccaat/Enhancer Binding Proteins, FOX, p53, NFAT, ISGF3), а в гене Mbl2 - для четырех семейств (cAMP-responsive ele ment binding proteins, heat shock factors, Nf-?B/c-rel and TATA binding protein). Транскрипционные факторы, характерные для гена Mbl1, преимущественно участвуют в регуляции процессов диф ференцировки, развития, клеточного цикла и поддержании гомеостаза. Транскрипционные факторы, которые могут связываться с промотором гена Mbl2, опосредуют ответ преимущественно на действие факторов, индуцирующих стресс. Выводы. Разнообразие транскрипционных факторов, которые по тенциально могут регулировать транскрипцию обоих генов, указывает на возможное участие генов в различных процессах со специфической функцией каждого из генов. Полученные результаты являются базисом для целенаправленного экспериментального исследования регуляции транскрипции обоих генов.
