У статті представлено аналіз понять "якість довкілля та "системний аналіз", нормативне забезпечення, досвід впровадження магістерських програм дослідницького спрямування, адаптованих до міжнародних аналогів, концепцію,структуру, зміст розробленої автором програми, напрями комплексних еколого-систематичних досліджень навколишнього середовища та орієнтовна тематика магістерських робіт.